El conjunto pictórico procedente de la iglesia de Bagüés continúa siendo la “joya de la corona” del museo. Es el conjunto pictórico románico más importante de España y ha sido considerado la Capilla Sixtina del románico. Y como muestra de ello, cabe destacar que el acceso a la sala que lo acoge se realiza a través de la reja de hierro forjado de la iglesia de Santa María de Iguácel, otra de las grandes joyas del museo.

Los murales de Bagüés se incorporaron la museo de Jaca en 1970 y entonces se adaptó la sala para intentar reconstruir la planta de la iglesia de Bagüés. Ahora, conservando esa configuración, se han instalado unos bancos –a modo de iglesia- para facilitar la contemplación de las pinturas. Algunas de las imágenes, además, se han reproducido en detalle y se muestran en los muros laterales, donde se ha instalado unos paneles informativos. Como complemento a las pinturas murales, se proyectará en los pies de la sala un montaje multimedia que explica la técnica de pintura mural y el sistema de arranque de las mismas.

(La fotografía de apertura del reportaje corresponde a esta sala)
El grueso de la colección de la pintura mural románica se expone en la sala refectorio, que es la de mayores dimensiones del museo. En la remodelación se ha querido recrear el antiguo uso de esta sala como capilla y por ello en la cabecera se ha situado el ábside con las pinturas de Osia (siglo XIII) y a los pies, el procedente de Ruesta (mediados del siglo XII). La estructura de ambos ábsides se ha recreado también a través de una carcasa de madera. En los muros laterales se exponen el resto de los fragmentos conservados de los conjuntos de pintura mural procedentes de Concilio, Sieso, Ipas, Navasa, Sorripas o Urríes, pero mostrados a modo de retablos.

Sala Capitular:
Es una de las dependencias que se incorporan a la visita del museo, al tratarse de la sala claustral de mayor calidad artística. Sin embargo, no es un espacio para exponer fondos, sino para mostrar sus elementos arquitectónicos, destacando sus capiteles y la techumbre de madera policromada.
Esta planta baja se completa con el porche, donde, aprovechando los muros, se explicará el proceso constructivo de la catedral, y el patio ajardinado, que acogerá, en su disposición original, el retablo de piedra  que Juan Bescós realizó entre 1598 y 1603 y que fue desmontado en 1790.

Románico:
Las capillas de Santa Margarita, Santa Lucía y San Felipe se han recuperado en cierta manera, ya que se han simulado los antiguos muros que las separaban con vitrinas que acogen una selección de tallas románicas, entre las que destaca la de la Virgen de Santa María de Iguácel y los Cristos de Ena y de Ardisa. Al margen de las tallas también se muestran otros objetos, como relicarios, aguamaniles (pilas para el agua sagrada) o el sepulcro pétreo del conde Sancho Ramírez.

Secretum:
Es el único espacio no adaptado del centro, debido a su estructuración, pero quizás es una de las más sorprendentes, debido a la originalidad y riqueza de los frescos  del siglo XVI que decoran la bóveda y los muros y que han sido ahora restaurados.

Este pequeño espacio vuelve a mostrar las piezas de orfebrería de la catedral, pero como lo hacía antiguamente, sólo algunas de las más valiosas: la cruz procesional y el copón de Bagüés, el cáliz de Lanuza y la custodia de la Minerva de la catedral.

Biblioteca:
Articulada como tres áreas diferenciadas, pero consecutivas, la antigua biblioteca muestra una selección de los fondos góticos, renacentistas y barrocos, que se cierran con los bocetos de Fray Manuel Bayeu para la decoración del presbiterio de la seo de Jaca.

Entre las piezas góticas más importantes destaca el frontal  del altar de Santa María de Iguácel o el grupo escultórico de la Epifanía de Sorripas. Del Renacimiento, el grupo escultórico del Santo Entierro y del Barroco, los bocetos de Bayeu.